多平臺、多方法RNA文庫構(gòu)建
RNA是以DNA的一條鏈為模板，以堿基互補(bǔ)配對原則，轉(zhuǎn)錄而形成的一條單鏈，主要功能是實(shí)現(xiàn)遺傳信息在蛋白質(zhì)上的表達(dá)，是遺傳信息傳遞過程中的橋梁，主要存在于生物細(xì)胞以及部分病毒、類病毒中。
眾所周知，total RNA中95%以上都是核糖體RNA（rRNA），可rRNA卻非常保守，在不同的組織、器官當(dāng)中的表達(dá)極度穩(wěn)定； 而只占total RNA總量2%-3%的mRNA在RNA當(dāng)中信息含量卻最為豐富，因此mRNA成為人們在科學(xué)研究中的重要關(guān)注點(diǎn)。
組織或細(xì)胞總RNA中各種RNA分布餅狀圖
而某個物種的特定組織或細(xì)胞在某一生理功能狀態(tài)下發(fā)生的mRNA產(chǎn)物的轉(zhuǎn)錄，即轉(zhuǎn)錄組，是基因組遺傳信息傳遞和表達(dá)的重要步驟和過程。
通過高通量mRNA測序可以獲得大量轉(zhuǎn)錄本序列信息，定量基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)水平，獲得基因組轉(zhuǎn)錄區(qū)域及其位點(diǎn)信息等，在基因組序列拼接注釋、樣品間基因轉(zhuǎn)錄差異表達(dá)及其功能研究等方面有重要作用?？蓮恼w水平研究基因功能以及基因結(jié)構(gòu)，揭示特定生物學(xué)過程以及疾病發(fā)生過程中的分子機(jī)理，已被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。
RNA樣本的建庫質(zhì)量對于后續(xù)上機(jī)測序至關(guān)重要，可直接影響后續(xù)結(jié)果的分析。因此，一個好的建庫試劑盒對于RNA測序至關(guān)重要。全式金目前已推出2款RNA建庫試劑盒，分別適用于Illumina和MGI平臺，均具有高數(shù)據(jù)質(zhì)量、高文庫轉(zhuǎn)化率的特點(diǎn)。
快速RNA建庫
? TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina?
針對Illumina高通量測序平臺開發(fā)的專用于構(gòu)建鏈特異性或非鏈特異性轉(zhuǎn)錄組文庫的試劑盒，可一步完成二鏈合成、末端修復(fù)與加A反應(yīng)，中間不需要純化步驟，極大地簡化了操作流程，縮短了建庫時(shí)間，可在3 h之內(nèi)將0.1 ng-100 ng處理后的RNA構(gòu)建成高質(zhì)量的測序文庫，得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。
● 文庫構(gòu)建原理示意圖
● 與競品的比較
使用 mRNA 純化試劑盒對人、小鼠、小麥和煙草的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲，其中人和小鼠投入200 ng總RNA，小麥和煙草投入1000 ng總RNA；分別使用TransGen和Company V建庫試劑盒進(jìn)行RNA文庫構(gòu)建，文庫分選后檢測文庫產(chǎn)量、峰型，并進(jìn)行測序分析。
? 文庫產(chǎn)量
? 建庫峰型
?測序數(shù)據(jù)質(zhì)量
?相關(guān)性分析
? TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI?
本產(chǎn)品是針對MGI高通量測序平臺開發(fā)的專用于構(gòu)建鏈特異性或非鏈特異性轉(zhuǎn)錄組文庫的試劑盒，可一步完成二鏈合成、末端修復(fù)與加A反應(yīng)，中間不需要純化步驟，簡化了操作流程，縮短了建庫時(shí)間，可在3 h之內(nèi)將0.1 ng-100 ng處理后的RNA構(gòu)建成高質(zhì)量的測序文庫，得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。
● 文庫構(gòu)建原理示意圖
● 與競品的比較
使用TransGen和Company Y產(chǎn)品進(jìn)行RNA建庫，比較不同投入量、不同物種、不同完整度RNA 建庫效果。TransGen 產(chǎn)品在產(chǎn)量上較競品有較大優(yōu)勢，適配不同物種、不同質(zhì)量的RNA 的樣品，片段化條件兼容性強(qiáng)，各種類鏈特異性文庫中的鏈特異性占比都在98% 以上，測序數(shù)據(jù)質(zhì)量優(yōu)異。
?文庫產(chǎn)量
?文庫峰型
?測序數(shù)據(jù)質(zhì)量
相關(guān)產(chǎn)品推薦
? TransNGS? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)
●產(chǎn)品特點(diǎn)
? 可有效去除人/小鼠/大鼠高達(dá)99%的ribosomal RNA。
? 提供Control qPCR Primer Sets，檢測去除前后ribosomal RNA和非ribosomal RNA含量的變化。
●穩(wěn)定性數(shù)據(jù)
分別使用不同批次產(chǎn)品對1 μg 總RNA (HepG2 細(xì)胞) 進(jìn)行rRNA 去除 ，并使用rRNA Primer 和Non-rRNA Primer 對未去除和去除后的RNA 樣品同時(shí)進(jìn)行qRT-PCR 檢測，根據(jù)不同引物的ΔCq 值變化( 去除后樣品Cq 值減去未去除樣品Cq 值) 判斷產(chǎn)品批次間的穩(wěn)定性，不同批次間ΔCq 值無明顯差異，產(chǎn)品批次間穩(wěn)定性好。
●與競品的比較
1 μg人(Human, H)、小鼠(Mouse, M)和大鼠(Rat, R)總RNA樣品，分別使用TransGen和Company K產(chǎn)品去除rRNA后，進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析，結(jié)果表明，TransGen產(chǎn)品在測序數(shù)據(jù)質(zhì)量上與競品相比，性能一致，甚至優(yōu)于競品。
? MagicPure? mRNA Kit
●產(chǎn)品特點(diǎn)
? mRNA捕獲效率高
?樣本兼容性好
?測序數(shù)據(jù)質(zhì)量高
? 適用物種廣泛
●文庫產(chǎn)量
使用TransGen mRNA 純化試劑盒 (EC511)、Company V 及Company Y 同類產(chǎn)品對不同投入量及不同物種進(jìn)行mRNA 捕獲后建庫，結(jié)果顯示，TransGen 產(chǎn)品mRNA 得率高，純度高，搭配建庫試劑盒，文庫產(chǎn)量更高，測序數(shù)據(jù)質(zhì)量更好
產(chǎn)品信息
